La durée normale des études à l’ENIB est de 5 ans pour les étudiants admis en 1er semestre d’études, 3 ans pour les étudiants admis en 5ème semestre d’études.

Les études sont organisées en semestres (semestres S1 à S10) et en intersemestres (intersemestres IS1 à IS3). Chaque semestre donne lieu à deux sessions, la session d'automne et la session de printemps, les intersemestres s'insèrant entre la session d'automne et la session de printemps. La présence à l'ensemble de ces activités pédagogiques est obligatoire.

Les études comprennent deux cycles :

- le cycle préparatoire intégré, comprenant 4 semestres (semestres S1 à S4) et 2 intersemestres (IS1 et IS2), fournit aux étudiants les connaissances de base dans les secteurs scientifique, technique, humain et linguistique, nécessaires aux futurs ingénieurs généralistes.
- le cycle ingénieur, comprenant 6 semestres (semestres S5 à S10) et 1 intersemestre (IS3), est le cycle professionnalisant qui permet d'accèder au titre d'ingénieur.

Les étudiants sont acteurs de leur formation et construisent leur parcours de formation en fonction de leurs projets individuel et professionnel. Ainsi, au cours du cycle ingénieur, l'étudiant choisit une option (électronique, informatique, mécatronique, services professionnels) lui permettant d'approfondir un des centres d'intérêt de sa formation professionnelle. Il peut également choisir de finir la dernière année de sa formation dans un autre cadre en choisissant l'une des possibilités de mobilité : contrat de professionnalisation, master recherche, semestre académique dans une autre école du groupe ENI, semestre académique à l'étranger, double diplôme avec un partenaire académique à l'étranger, stage dans une structure humanitaire ou d'intérêt général.